2026年9月1日から、労働基準監督署の時間外労働等に関する指導方針が見直されます。
今回の変更では、時間外・休日労働の時間数だけに着目して月45時間以内への削減を一律に求める指導を見直し、36協定で定めた健康・福祉確保措置の実施状況も重点的に確認する運用へと変わります。
36協定の特別条項は、締結・届出をして終わりではありません。月45時間を超える残業が発生する場合には、自社の協定に定めた手続きや、健康・福祉確保措置の実施、記録の保存など、日々の運用まで含めて確認しておくことが重要です。
本記事では、9月1日からの変更点と実務上の確認事項を整理したうえで、書面中心だった発動手続きの電子化を検討した企業様の事例をご紹介します。自社の運用を確認できるセルフチェックシートもご用意していますので、日々の業務にご活用ください。
※本記事は一般的な情報提供を目的としたもので、個別の法的助言ではありません。必要な手続きは自社の36協定の定めによって異なります。
フォスターリンク株式会社
2000年の創業以来、人事領域の支援を手がける人事のベストパートナー。社会保険労務士の資格を持つ担当者が在籍し、勤怠管理・KING OF TIME運用支援の実務知見をもとに本記事を監修・執筆しています。
2026年9月1日から見直される労働基準監督署の対応
厚生労働省は2026年8月19日、時間外労働等に係る相談・支援および監督指導を見直すと発表しました。2026年9月1日から、全国の働き方改革推進支援センターおよび労働基準監督署で実施されます。
変更点1：一律の指導から、健康・福祉確保措置の確認へ
これまで労働基準監督署では、特別条項を定めた事業場に対しても、時間外・休日労働の時間数のみに着目し、月45時間以内への削減を一律に求める指導を行うことがありました。
9月1日以降は、この一律の指導を見直し、各事業場が36協定で定める「健康及び福祉を確保するための措置」の実施状況を重点的に確認し、確認した状況に応じて必要な指導を行う方針に変わります。
変更点2：36協定の締結に関する相談・支援の充実
あわせて、全国の働き方改革推進支援センターに、36協定や特別条項の締結、柔軟な労働時間制度の活用を支援する「専門相談窓口」が設けられます。働き方改革推進支援センターと労働基準監督署によるチームでの訪問支援も行われます。
上限規制そのものは変更しない
ここで注意が必要なのは、時間外労働の上限規制が緩和されたわけではないという点です。今回発表されたのは監督指導の運用の見直しであり、労働基準法の改正ではありません。
一般的な事業場では、原則として時間外労働は月45時間・年360時間までです。特別条項を設けた場合でも、時間外労働は年720時間以内、時間外労働と休日労働の合計は月100時間未満かつ2～6か月平均80時間以内とする必要があります。また、月45時間を超えることができるのは年6か月までです。これらの上限は、これまでどおり適用されます。
また、過重労働により労働者に健康障害が生じるおそれが高いと判断される場合には、引き続き必要な指導が行われるとされています。
※本記事では、一般的な事業場に適用される月45時間・年360時間の限度時間を前提に解説しています。3か月を超える1年単位の変形労働時間制や、一部の事業・業務には異なる基準や特例があります。
実務上確認しておくべきこと
今回見直されるのは、時間外・休日労働の時間数だけに着目して月45時間以内への削減を一律に求める指導です。今後は、自社の36協定にどのような健康・福祉確保措置を定めているかを把握し、それを実際に実施して記録に残せているかについても、これまで以上に確認しておくことが重要になります。
なお、健康・福祉確保措置の実施や記録は、今回の見直しによって新たに生じるものではありません。まずは36協定の写しを開き、自社でどのような措置を定めているか、その実施状況の記録が残っているかを点検しておくことをお勧めします。
36協定の限度時間（月45時間）を超える月に確認したいこと
特別条項の運用では、次の4点を確認しておく必要があります。
1. 協定に定めた手続き（労働者代表への通告・協議等）を行う
2. 手続きを行った時期・内容・相手方等を記録・保存する
3. 健康・福祉確保措置を実施し、その実施状況を記録・保存する
4. 月45時間を超えた月数（1年について6か月以内）と、時間外労働・休日労働の上限を継続的に確認する
これらの実施状況と記録は、労働基準監督署の調査時に確認される可能性があります。
36協定・特別条項の対応状況を15項目で確認
締結・届出、残業実態、発動手続き、上限管理の4区分を確認できるセルフチェックシートです。未対応の項目があった場合の着手点も掲載しています。
ご相談の背景
セルフチェックの中でも、特に運用負荷が生じやすいのが特別条項の発動手続きと記録保存です。今回は、書面中心の運用を見直し、電子化を検討された企業様へのご支援事例をご紹介します。
ご相談は「書面で行っている手続きを電子化したい」という内容でした。
現状をうかがうと、月45時間を超える残業が発生した際の申請と、特別条項を発動する際の協議書・通知書のやり取りが、いずれも書面で運用されていました。担当者の負担が大きく、記録の保管も紙のままという状態です。
ただし、すぐにシステムの検討へ進むことはしませんでした。扱う書類も、承認する人も、必要な機能も異なる手続きが、1つの依頼の中に混在していたためです。
なぜ、システムを選ぶ前に対応範囲を整理するのか
この種のご相談では、ワークフロー機能を持つシステムを新たに導入すれば解決する、と考えられがちです。しかし実際には、要件を確定しないまま製品を選ぶと、導入後に想定していた運用ができないという事態が起こります。
特に今回のように法令にもとづく手続きが関わる場合、記録として何を残す必要があるのかによって、選ぶべき機能が変わります。この要件が曖昧なまま進めると、申請の電子化はできても、必要な記録が残らないという結果になりかねません。
フォスターリンクは、勤怠管理（KING OF TIME）の導入・設定代行だけでなく、給与計算代行や人事労務のコンサルティングまで横断して支援してきました。特定の1製品を売ることが目的ではないため、新規導入を前提とせず、既存契約システムの機能で対応できるかを含めて比較できる立場にあります。
対応範囲の整理
まず、ご相談内容を手続きの単位に分解しました。結果として、性質の異なる3つの領域に分かれることが明らかになりました。
| 領域 | 内容 | 発生条件 |
|---|---|---|
| 時間外申請 | 月の残業時間が45時間を超える見込みとなった時点で、従業員が行う申請 | 36協定の限度時間である月45時間を超える見込みとなった場合 |
| 特別条項の発動手続き | 労働者代表・人事部門の承認を得るための協議書または通知 | 特別条項の発動条件に該当した場合 |
| 過重労働の可視化 | 管理者が自部門の時間外労働の状況を把握する仕組み | 日常的な管理業務として |
時間外申請については、限度時間を超えてから申請するのでは、協定に定めた手続きが後追いになります。超過が見込まれた時点で申請できる運用にしておくことが重要です。
あわせて、実施の順序についても整理しました。特別条項を適用する際には、自社の36協定に定めた所定の手続きを行う必要があります。
今回の企業では、事前承認のプロセス自体が存在していなかったため、現状の運用と協定で定めた手続きの内容を確認したうえで、まずは記録を電子化して確実に残せる状態をつくり、必要な事前承認の運用整備についても検討する進め方をご提案しました。すべてを一度に変えようとすると、現場が運用しきれないためです。
承認経路の確定
システムの機能を比較する前に、「誰が・どの順で承認するか」を確定させました。ここが未確定のままだと、必要な承認段階数が決まらず、機能要件そのものが定まらないためです。
今回の関与者は、対象者本人、所属長、労働者代表、人事部門、そして発動を判断する会社の5者にわたりました。整理した結果、経路は次のように分かれます。
この2つは、承認者も段階数も異なります。後述する検証で「承認が1段階しかない」という理由で見送った機能がありますが、それはこの経路を先に確定させていたからこそ判断できたものです。
検証①｜時間外申請
新規導入を前提とせず、既存契約システムの機能で要件を満たせるかを確認しました。
| 検討した機能 | 評価 | 判断根拠 |
|---|---|---|
| 人事システム／従業員情報の申請 | △ | 申請内容が従業員情報に反映されるため、事後に削除するか残すかの運用判断が必要 |
| 人事システム／申請フロー作成機能 | △ | 利用に追加費用が発生する |
| 労務システム／ワークフロー | × | 承認者に全権管理者権限が必要／労務システムが二重になる／承認が1段階のみ |
| 勤怠システム／補助項目の申請 | × | ファイル添付のみ／承認が1段階のみ |
いずれの機能にも共通する制約
上記のいずれも、申請そのものは電子化できますが、書面としての形式は残りません。書面としてのデータ出力が必要な場合は、後述する特別条項の発動手続きと同じ仕組みが必要になります。
記録の保存が必要かどうかで、選ぶべき機能が変わってくるため、この要件はシステムを選ぶ前に整理しておく必要があります。
検証②｜特別条項の発動手続き
協議書・通知書のやり取りについても、同様に既存契約システムの機能を対象として対応可否を検証しました。
| 検討した機能 | 評価 | 判断根拠 |
|---|---|---|
| 人事システム／書面配布機能 | 〇 | 対象者への書面配布と、確認記録の取得が可能 |
| 労務システム／勤怠システム | × | 対応する機能が存在しない |
| 電子契約サービス | △ | 利用に追加費用が発生する／電子契約サービスが二重になる／現状で他システムと連携していない |
この領域では、対応可能な機能が1つに絞られました。ただし、実際に運用するには、配布用テンプレートへ対象者名や期間などを差し込む設定が別途必要です。
機能が「使える」ことと「そのまま運用に乗る」ことは別で、この設定作業の有無が導入後の負担を左右します。
検証③｜過重労働の可視化
3つめは、管理者が自部門の時間外労働の状況を把握する仕組みです。手続きの電子化とは別の話に見えますが、そもそも45時間の超過を事前に把握できなければ、手続き自体が後手に回ります。
| 検討した機能 | 評価 | 判断根拠 |
|---|---|---|
| 勤怠システム／月別データ | △ | あらかじめアラートを作成した内容については確認が可能 |
| 勤怠データ分析ツール | ◎ | 年間・月別・個人別に、時間外労働の状況を確認できる |
| 人事システム／労務レポート | △ | 利用に追加費用が発生する／従業員情報と給与明細情報が揃っていることが前提／共有された従業員も閲覧できる |
3領域の中で、唯一「◎」の評価がついた領域です。年間・月別・個人別に確認できるため、発動回数の管理や、翌年度の協定内容の検討にも活用できます。
なお、人事システムの労務レポートは給与基準での可視化となるため、勤怠実績にもとづく管理とは前提が異なります。同じ「可視化」という言葉でも、何を根拠にした数値なのかによって用途が変わる点には注意が必要です。
システムを選ぶ前に、要件を確定させる
今回のご支援で明確になったのは、製品の優劣ではなく、手続きごとに必要な要件が異なるという点でした。
承認が何段階必要か。書面として記録を残す必要があるか。誰が閲覧できてよいか。これらを先に確定させたことで、既存契約システムの中から使える機能と、追加検討が必要な領域とを切り分けられました。
すべてを1つのシステムでまとめようとせず、領域ごとに最適な手段を組み合わせる。この判断は、要件を整理していなければできなかったものです。自社の運用状況をまず確認したい方は、記事冒頭のセルフチェックシートをご活用ください。
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・45時間超の残業申請が、書面のまま残っている
・特別条項の発動手続きの記録が、すぐに取り出せない
・システムを新たに導入すべきか、既存の機能で足りるか判断できない
・承認ルートが明文化されておらず、担当者ごとに運用が異なる
・管理者が自部門の時間外労働の状況を、月の途中で確認できない
フォスターリンクでは、勤怠管理の導入・設定・運用支援で培った知見をもとに、申請・承認フローの整理についても、内容に応じて個別にご相談を承っています。
導入や見直しが決まっていない段階でも、現状の棚卸しからご相談いただけます。
※本記事は実際のご相談内容をもとに、企業名・製品名・費用・固有の運用内容を特定できない形に変更・要約してご紹介しています。評価は特定の運用条件下での判断であり、製品の優劣を示すものではありません。
※本記事は一般的な情報提供を目的としたもので、個別の法的助言ではありません。必要な手続きは自社の36協定の定めによって異なります。実際の判断は、貴社の協定内容をご確認のうえ、社会保険労務士等の専門家にご相談ください。