勤怠管理システム比較ガイド｜自社に合う選び方と導入で失敗しないポイント

勤怠管理システムは、料金や機能表だけでは自社に合うか判断しきれません。

導入支援の現場では、システム側に必要な機能が揃っていても、就業規則や勤務実態、給与計算の流れと合わず、導入後に手作業が残るケースがあります。
特に、変形労働時間制やフレックスタイム制などがある企業では、機能の有無だけでなく、自社ルールで運用できるかを確認することが重要です。

この記事では、主要な勤怠管理システムの特徴と比較項目、導入前に確認したい実務ポイントを解説します。

勤怠管理システムを比較するときにまず見るべき項目

勤怠管理システムの比較では、料金や知名度だけでなく、日々の勤怠締めや給与計算に影響する項目を確認する必要があります。

まず見ておきたいのは、次の8項目です。

上述した通り、比較表で当てはまっていても、自社の就業規則や現場運用に合うとは限りません。
たとえば、休暇管理に対応していても、振休・代休・特別休暇・時間単位有休を自社ルール通りに設定できるかは別の問題です。

まずは機能の有無を確認し、その次に「自社のルールで運用できるか」を見ることが大切です。

主要な勤怠管理システムの特徴と向いている企業

勤怠管理システムには多くのサービスがあります。ここでは、比較検討で候補に挙がりやすい代表的なサービスを、向いている企業の観点で整理します。

サービス	特徴	向いている企業
KING OF TIME	勤怠管理を中心に、人事労務・給与・データ分析など周辺領域にも展開。打刻方法や外部連携の選択肢が多い	複数拠点、シフト制、変形労働時間制、夜勤など、勤怠ルールが複雑な企業
ジョブカン勤怠管理	出勤管理、シフト管理、休暇・申請管理、工数管理などを組み合わせて利用できる	必要な機能から段階的に始めたい企業、ジョブカンシリーズを利用している企業
freee勤怠管理Plus	打刻から集計までをクラウドで一元化し、シフト・休暇・アラート・給与連携などに対応	紙やExcelから移行したい企業、freee人事労務との連携を見据える企業
マネーフォワード クラウド勤怠	打刻、申請承認、勤怠締め、給与計算連携をクラウド上で管理できる	マネーフォワード クラウド給与など、同シリーズとの連携を重視する企業
ジンジャー勤怠	統合型データベースを軸に、勤怠・給与・労務などを一元管理しやすい	人事データベースを中心に、人事労務全体を整備したい企業
奉行Edge勤怠管理クラウド	打刻・申請から勤怠分析、アラート、労務管理までクラウドで管理できる	奉行シリーズとの親和性や、管理部門の標準化を重視する企業

どのサービスが一律に優れている、という見方はおすすめしません。あくまでも、自社の勤務ルール、給与計算ソフト、管理体制に合うかどうかで見ていきましょう。

従業員数が少なく、勤務形態もシンプルな企業であれば、必要最低限の機能で足りる場合があります。一方で、複数拠点、シフト制、夜勤、変形労働時間制、複数の雇用区分がある企業では、設定の自由度やアラート機能、給与計算連携の柔軟性もチェックしておく必要があります。

勤怠管理システムの自社に合う選び方

勤怠管理システムを選ぶ際は、次の5つの軸で比較すると整理しやすくなります。

1、従業員規模と拠点数

従業員数が増えるほど、打刻漏れ、申請漏れ、承認遅れ、勤怠締めの確認作業は増えます。複数拠点や店舗がある場合は、拠点ごとの管理者権限、打刻方法、勤怠状況をリアルタイムに見られるかも選定に関わります。

少人数であればシンプルな運用で足りることもありますが、拠点や雇用区分が増えるほど、集計ルールと権限設計を細かく見ておく必要があります。

2、勤務形態の複雑さ

固定時間制だけで運用している企業と、フレックス、変形労働時間制、シフト制、夜勤、短時間勤務が混在している企業では、必要な設定項目が大きく異なります。

確認したいポイントは、次の通りです。

• 雇用区分ごとに勤務ルールを分けられるか
• 休憩時間や所定外労働を自社ルールに合わせて集計できるか
• 法定休日と所定休日を区別できるか
• 振休・代休・特別休暇を正しく管理できるか
• 管理監督者や短時間勤務者など、例外的な勤務区分に対応できるか

ここで重要なのは、システムの機能よりも、就業規則と実態の整理です。就業規則と現場運用がずれている場合、どのシステムを選んでも設定で迷いやすくなります。

3、休暇・残業・36協定管理

勤怠管理では、有給休暇、時間外労働、休日労働、深夜労働などを正しく把握する必要があります。

厚生労働省は、時間外労働の上限について、原則として月45時間・年360時間と示しています。臨時的な特別の事情がある場合でも、年720時間以内、複数月平均80時間以内、月100時間未満などの上限があります。

勤怠管理システムを比較するときは、単に残業時間を集計できるかだけでなく、上限に近づいた段階で管理者が気づけるか、未申請残業や打刻漏れを早めに拾えるかも見ておきます。

4、給与計算ソフトとの連携

勤怠管理システムは、勤怠データを集計して終わりではありません。最終的には給与計算に使える形でデータを整える必要があります。

比較時には、次の点を確認します。

• 利用中の給与計算ソフトと連携できるか
• CSV出力の項目を調整できるか
• 残業、深夜、休日労働、欠勤、遅刻早退などを給与計算に必要な粒度で出せるか
• 締め処理後の修正や再集計に対応できるか
• 給与計算担当者が手作業で加工する項目が残らないか

給与計算との連携が弱いと、勤怠管理システムを導入しても、月末月初の作業負担が残ります。製品比較の段階で、給与計算までの流れを見ておく必要があります。

実際の導入現場では、勤怠データをCSVで出せても、給与計算側の項目名や集計単位が合わず、結局Excelで加工しているケースが時折見られます。ここを後回しにすると、システム化したのに月末だけ忙しいということになり兼ねません。

5、導入後の運用体制

勤怠管理システムは、導入して終わりではありません。法改正、就業規則の変更、組織変更、拠点追加、勤務形態の変更があれば、設定の見直しが必要になります。

比較時には、導入後の問い合わせ先、設定変更の担当者、社内の承認フロー、給与計算担当者との連携まで見ておきます。担当者変更があっても運用を引き継げるよう、設定意図を残せる体制かどうかも選定材料になります。

実際、導入時の担当者が異動したあとに、現在の勤務区分にした背景や理由がわからなくなり、制度変更のたびに設定確認からやり直す例があります。最初の設計メモは、後々の運用に非常に重要になります。

勤怠管理システムの比較表では見えにくい注意点

比較表やランキングは、候補を絞る入口として有効です。ただし、導入後の成否を分けるのは、比較表に出にくい実務上のリスクです。

この章では、製品を選ぶ前に「見落とすと導入後に困りやすい論点」を整理します。次章のチェックリストは、これらのリスクを確認するために社内で棚卸しする項目です。

1、就業規則と実際の運用のズレ

就業規則と実際の現場運用がずれているままシステム設定を進めると、設定担当者が判断に迷います。

休日出勤、振休・代休、時間単位有休、遅刻早退控除、シフト変更などは、企業ごとの運用差が出やすい領域です。導入前に、就業規則に書かれている内容と、現場で実際に行われている処理を整理しておきます。

2、申請・承認フロー

残業申請、休暇申請、遅刻早退、直行直帰、シフト変更などは、申請者、承認者、管理者の役割が明確でなければ運用が止まりやすくなります。

承認者が複数いる場合、拠点ごとに管理者が違う場合、人事部門が最終確認する場合などは、権限設計まで含めて比較します。

3、締め処理と給与計算の流れ

勤怠データは、給与計算に直結します。締め日、承認期限、修正期限、給与計算ソフトへの連携方法が曖昧だと、月次処理で手作業が残ります。

導入前に、勤怠締めから給与計算までの流れを一度書き出し、システムで自動化できる部分と、人が確認する部分を分けておく必要があります。

4、労働時間の管理

勤怠管理システムを比較するときは、36協定や残業時間のアラート機能があるかだけで判断しがちです。しかし、実際の運用では、アラートが出た後に誰が確認し、どのように是正するかまで決めておかなければ、労務リスクの予防にはつながりません。

厚生労働省のガイドラインでも、使用者には労働時間を適正に把握することが求められています。つまり、システムを導入して記録を残すだけでなく、打刻漏れ、長時間労働、休日労働などを確認し、必要に応じて対応できる体制まで含めて考える必要があります。

5、初期設定後の変更対応

法改正や社内制度変更があると、勤怠管理システムの設定を見直す必要があります。初期設定時点では問題なくても、運用開始後に変更が発生することは珍しくありません。

誰が設定を見直すのか、変更時にどこへ相談するのか、設定意図をどう残すのかまで決めておくと、属人化を防ぎやすくなります。

勤怠管理システム導入前に整理したいチェックリスト

前章では、比較表では見えにくい導入時のリスクを整理しました。
ここでは、そのリスクを確認するために、製品選定前に社内で棚卸ししておきたい情報をまとめます。

チェックリストの目的は、製品ごとの優劣を判断することではありません。自社の制度・運用・給与計算の前提を明らかにし、各システムに問い合わせるべき内容や、初期設定で確認すべき内容を具体化することです。

このチェックリストをもとに判断することによって、単に著名な勤怠管理システムを選ぶのではなく、自社で運用できる勤怠管理システムを選ぶための判断基準に近づきます。

勤怠管理システム導入における支援範囲の決め方

勤怠管理システムは、自社で設定・運用することもできます。その場合は、製品の標準サポートを使いながら進められるケースがほとんどです。
一方で、勤務形態が複雑な企業や、給与計算との連携が重要な企業では、外部支援を使ったほうがスムーズな場合があります。

支援範囲を決めるときは、導入後の運用フローを一度並べてみると判断しやすくなります。

運用フローの中で止まりやすいのは、エラー修正と給与計算連携です。
ここに毎月手作業が残るなら、製品の機能比較だけでなく、設定や運用設計の支援範囲まで見直した方がよいでしょう。

1、内製で進めやすい会社の特徴

次のような企業は、外部支援を利用せず、社内主導で進めやすい傾向があります。

• 勤務形態がシンプル
• 雇用区分が少ない
• 休暇・残業・承認フローが複雑ではない
• 社内に勤怠システムと労務管理に詳しい担当者がいる
• 給与計算ソフトとの連携要件が明確

ただし、内製する場合でも、初期設定工数、月次運用工数、法改正対応工数、設定ミスや手戻り対応工数まで含めて考える必要があります。

2、標準サポートで足りる範囲を確認する

製品の標準サポートは、操作方法や基本設定の確認に役立ちます。自社の制度がシンプルで、設定方針がすでに決まっている場合は、標準サポートを使いながら導入を進められることもあります。

一方で、就業規則の解釈、実際の運用とのずれ、給与計算への落とし込みなどは、製品サポートだけでは判断しきれない場合があります。標準サポートで足りる範囲と、社内または外部で判断すべき範囲を分けておきます。

3、外部支援を利用したほうが良いケース

次のような企業は、外部支援を検討する価値があります。

• 変形労働時間制、フレックス、シフト制、夜勤などが混在している
• 複数拠点や複数の雇用区分がある
• 給与計算で毎月手作業の加工が発生している
• 過去に勤怠システム導入で設定が複雑になり、運用が定着しなかった
• 法改正や制度変更のたびに設定見直しが必要になる
• 社内に勤怠システム設定と労務管理の両方に詳しい担当者がいない

外部支援を利用する場合は、設定作業だけでなく、就業規則との整合、給与計算との接続、テスト運用、導入後の変更対応まで支援範囲に含まれるかを見ておくことをおすすめします。

フォスターリンクのKING OF TIME導入・運用支援

フォスターリンクは、人事支援企業として、KING OF TIMEを中心とした勤怠管理システムの導入・運用支援を提供しています。

単にシステム設定を行うだけでなく、就業規則、勤怠ルール、給与計算との連携、導入後の運用までを見据えて支援します。

初期設定前の業務整理

勤怠管理システムの設定では、就業規則に書かれている内容をそのまま入力すればよいわけではありません。

実際の現場運用、承認フロー、給与計算で必要な項目まで確認し、設定に落とし込む必要があります。フォスターリンクでは、初期設定の前段階で、制度・実態・給与計算の流れを整理します。

勤怠ルールと設定内容の確認

休暇区分、勤務区分、承認フロー、締め処理、アラート設定などは、導入後の使いやすさに直結します。

勤怠ルールとシステム設定の整合を確認しながら、導入後に運用しやすい形を設計していくことが重要です。

給与計算連携を見据えた運用設計

勤怠管理システムの導入効果は、給与計算までつながってはじめて大きくなります。

勤怠データを出力したあとに手作業で加工している場合、システムを導入しても月次業務の負担は残ります。勤怠データの集計項目、出力形式、給与計算との連携を確認し、いかに月次処理の手戻りを減らす設計を行えるかがその後の業務を左右します。

導入後の運用改善・相談

勤怠管理システムは、導入して終わりではありません。

法改正、就業規則の変更、組織変更、拠点追加、勤務形態の変更があれば、設定の見直しが必要になります。フォスターリンクでは、導入後の運用も見据え、設定変更や運用改善の相談に対応します。

よくある質問

勤怠管理システムは無料でも使えますか？

従業員数が少なく、勤務形態がシンプルな企業であれば、無料プランや低価格プランから始められる場合もあります。ただし、複数の勤務形態、承認フロー、給与計算連携、36協定管理、有休管理が必要な場合は、無料プランでは機能やサポートが不足することがあります。

中小企業でも勤怠管理システムは必要ですか？

紙やExcelで管理できているように見えても、打刻漏れ、残業集計、有休管理、給与計算への転記に手間がかかっている場合は、勤怠管理システムを検討する価値があります。人数が少ない企業ほど、担当者が限られるため、属人化を防ぐ意味でもシステム化が有効です。

勤怠管理システムを選ぶとき、料金以外に何を見るべきですか？

自社の就業規則と勤務実態に合わせて運用できるかを見ます。機能数や料金だけでなく、勤務形態、休暇制度、申請承認、給与計算連携、導入後の設定変更まで見ると判断しやすくなります。

出典・参考情報

• KING OF TIME公式サイト：https://www.kingoftime.jp/
• ジョブカン勤怠管理ヘルプ「各プランでできること」：https://jobcan.zendesk.com/hc/ja/articles/17731810865689
• freee勤怠管理Plus公式サイト：https://www.freee.co.jp/time-tracking-plus/
• freee勤怠管理Plus 機能一覧：https://www.freee.co.jp/time-tracking-plus/features/
• マネーフォワード クラウド勤怠 機能一覧：https://biz.moneyforward.com/attendance/function/
• ジンジャー公式サイト「ジンジャーの特長」：https://hcm-jinjer.com/features/
• 奉行Edge勤怠管理クラウド：https://www.ricoh.co.jp/products/items/bugyo-edge-kintaikanri-cloud
• 厚生労働省「時間外労働の上限規制」：https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/overtime.html
• 厚生労働省「労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」：https://www.mhlw.go.jp/new-info/kobetu/roudou/gyousei/kantoku/dl/070614-2.pdf